E' la chiesa gesuita per eccellenza, voluta da S. Ignazio di Loyola, che qui è sepolto.
Iniziata nel 1568, grazie al finanziamento del cardinale Alessandro Farnese, fu consacrata nel 1584, ma nel Seicento e nella prima metà dell'Ottocento fu ulteriormente arricchita al suo interno.

Progettata da Jacopo Barocci detto il Vignola, Giovanni Tristano e Giovanni de Rosisla, gesuiti, ne diressero i lavori. La facciata in travertino si deve invece al disegno del senese Giacomo della Porta.
La costruzione dell'interno fu guidata dal concetto della chiesa medioevale, con la navata allungata ad esaltare l'altare, mentre l'assenza di colonne crea una grande aula che favorisce la partecipazione dei fedeli.

Il rigore e l'essenzialità del progetto originario sono nascosti dalle seicentesche decorazioni plastiche e pittoriche. La volta affrescata da Giovan Battista Gaulli, detto il Baciccia, è un capolavoro di illusionismo prospettico.

La Cappella di Sant' Ignazio, sepolcro del Santo - nel transetto sinistro - opera di Andrea Pozzo, ospita il più ricco altare barocco di Roma e la statua del santo, ora in stucco argentato, sostituisce l'originale in argento massiccio fusa per pagare le tasse imposte da Napoleone.
Nel transetto destro su disegno da Pietro da Cortona si trova la Cappella di S. Francesco Saverio.

Il modello della Chiesa del Gesù, rispondendo ai canoni architettonici suggeriti dal concilio di Trento, venne preso ad esempio ed esportato dai gesuiti in tutta Europa.